Las islas han estado pobladas desde tiempos remotos. Las primeras apariciones de pobladores se remontan al siglo V A.C. Las colonizaciones de griegos, fenicios, cartagineses, romanos fueron débiles. La primera civilización que creó una verdadera sociedad en estas islas fue la musulmana, que la habitó durante siglos.
Actualmente en las Baleares se habla el idioma catalán ya que fueron repobladas mayoritariamente por payeses de Gerona y Barcelona durante la Reconquista, aunque también hablan el castellano.
La Corona de Aragón experimentó durante los siglos XII y XIII una fuerte expansión hacia el Mediterráneo que la llevó hasta las Baleares. El rey aragonés Jaime I el Conquistador (1.208–1.276) capitaneó una flota que desembarcó en Mallorca a finales del verano de 1229. Después de largos combates que se prolongaron durante meses, el rey entró victorioso en la ciudad el 31 de diciembre de ese mismo año. El asalto fue seguido de una matanza que ocasionó un verdadero genocidio de la población mallorquina. Así que los miles de cadáveres que no pudieron ser enterrados provocaron una epidemia entre los conquistadores que causó numerosas bajas. Como consecuencia, los nobles quisieron quedarse con todo el botín en lugar de sortearlo entre la tropa. Esto provocó la revuelta de peones y caballeros. Finalmente se produjo el reparto del botín que duró hasta el 30 de abril de 1230.
Gracias a todo esto, los musulmanes supervivientes tuvieron tiempo de organizar diversos focos de resistencia en las montañas, lo que prolongó un par de años las luchas contra los musulmanes de Mallorca que, finalmente, terminaron convertidos en esclavos. Toda esta destrucción debilitó también al ejército de Jaime I hasta el punto de que, cuando Menorca pidió el vasallazgo de la Corona, se le concedió. Así, Menorca se convirtió en una taifa autónoma, donde la religión y la cultura árabe se mantuvieron durante medio siglo más. Pero en enero de 1287, la flota de Alfonso II el Franco llegó al puerto de Mahón. Se pactó la capitulación de la isla de forma que los caudillos y nobles pudieron escapar de los catalanes a cambio de entregar al resto de la población para que se les esclavizara.
Por lo que respecta a Ibiza, también fue conquistada por Jaime I, pero en agosto de 1236. sus habitantes fueron también esclavizados y sus bienes fueron repartidos entre los magnates.
Además la isla de Menorca estuvo ocupada entre 1708 y 1802 por tropas inglesas pero en 1802 Napoleon I la cedió a España en virtud del Tratado de Amiens.